Blood The last Vampire speelt zich af in de herfst van 1966. De Vietnam oorlog is aan de gang en Amerikaanse militairen verlaten de Yokota Luchtmachtbasis, een stuk Amerikaans territorium in Japan. Het ene na het andere F4-gevechtsvliegtuig stijgt op en er heerst spanning alom. Ondertussen wordt er melding gemaakt van een aantal mysterieuze zelfmoorden in de stad. Een team van geheim agenten moet deze zelfmoorden gaan onderzoeken. In een uitgestorven coupé van de laatste metro naar Asakusa zit een meisje genaamd Saya. Met haar indringende blik en op elkaar geperste lippen lijkt iedereen zich aan haar te onderwerpen. Zij is de verlosser die door de 'organisatie' gestuurd is om de bloedslurpende chiropteranen te overwinnen die menselijke lichamen in bezit nemen om hun uiterlijk te verkrijgen. Gekleed in een Japans schooluniform en in het bezit van een oud samoeraizwaard moet Saya binnen een Amerikaanse school infiltreren in het hart van het militaire Yokota-complex, om de epidemie van deze monsters voorgoed uit te roeien.